2010 год начался с появления гигантских бурь в верхних слоях атмосферы, которые мгновенно обрушились на целые страны. В считанные дни население планеты — около восьми миллиардов людей — потеряло около пяти миллиардов жизней. Северная Америка, Россия и северная Европа оказались закованы льдом; обширные равнины поглотили воды мирового океана, и карта мира изменилась до неузнаваемости, погружая цивилизацию в хаос. Японское правительство сумело построить автономное экономическое образование, частично оправившись после catastrophe. Но за пределами Особой Экономической Зоны царило нищета. Правящий слой объявил себя Логосом и стал использовать Технологию Дополнительной Силы в военных целях. Многочисленные бедняки, прозванные ревенусами, были изгнаны за пределы ОЭЗ. Чтобы держать под контролем военную мощь Японии, Евросоюз ЭО и Азиатский союз AO создали Единый союз AES; их войска сошлись в Кюсю и натолкнулись на передовую силу «Фантом», которая нанесла сокрушительный удар. Позже между AES и Японией подписали двусторонний договор о ненападении, и эти силы стали использоваться против повстанцев внутри страны. Прошло время. Джо Кацураги и Джин Цурасава уклоняются от фантомов, созданных для наблюдения за ревенусами и подавления мятежей Логоса. Вместе с ними исчезает таинственная девочка Сана Нобуто, и вокруг неё начинается буря интереса у множества людей, каждый — по своей причине.
