В начале 2012 года Японию накрыли загадочные гуманоиды с голубой кровью, пришедшие из иного измерения — Мю. В 2015-м их вторжение повторилось, но силы сопротивления получили мощное оружие под названием «долем», которое заставило захватчиков отступить. В этот хаос судьба Аято Камины пересекается с одноклассницей Рэйку Мисиму, и на протяжении этой же даты над героем нависает опасность со стороны правительства. Однако на помощь приходит загадочная Харука Сито, утверждающая, что её направила организация «TERRA». Она объясняет, что Токио оказалось запечатано во временном разрыве, где время течёт лишь в три раза медленнее обычного. Чтобы выжить, Аято прячется от чиновников и запрыгивает на поезд, где вновь сталкивается с Рэйку. Прибыв в Зал Ра, он следует за ней к гигантскому яйцу, из которого вылупился долем Ра-Зефон (RahXephon). Неожиданно над сценой появляется мать Аято и срывает удар вторжения «TERRA». В ходе битвы она получает рану, и, увидев её голубую кровь, Аято вместе с Харуке Сито уходят прочь из опасного места, оставляя за собой тревожный след в истории города и его тайных сил.
