Действие нового цикла «Стальная тревога! Новый рейд» разворачивается спустя два месяца после инцидента на подводной лодке Tuatha De Danann, произошедшего в конце первого сезона. В центре повествования оказывается таинственная сила под названием Мифрил, которая узнаёт о существовании скрытой организации, владеющей технологией, способной взламывать ECS — систему электронных запоров. Эту группу мир знает как Амальгама, а вместе с ней в игру вступает и некая «тёмная технология», заимствованная у загадочного Виспэра; она столь же опасна, как и секретные службы, что держат мир под контролем. Амальгама намерена продолжать движение вперёд и не остановится на достигнутом. Когда миссия Сосукэ Сагары по защите Тидори оказывается отозванной Мифрилом, всё необходимое для плана Амальгамы выстраивается в единую стратегию, приближая момент решающего столкновения и ставя под угрозу судьбу героев и их мира.
