После того как Земля одолела своих врагов, капитан Харлок покинул команду и отправился бродить по бескрайнему космосу в одиночку. Но мир не успел насладиться долгим покоем: на горизонте появился новый, по-настоящему жестокий враг, с которым одному не справиться. Во время археологической миссии профессор Дайба непреднамеренно пробуждает зловещую расу, называемую «ну», чья власть над Вселенной существовала еще до появления человечества и питается страхом. Спустя пять лет тьма набирает силу снова, намереваясь вернуть мир к исходному хаосу и осуществить коварный план. Капитан Харлок вновь собирает свою команду: давних союзников Кэй Юки и доктора Зеро, а также первооткрывателя Яттарана, и к ним присоединяется сын профессора — Тадаси Дайба — ставший частью «Аркадии». Вместе они отправляются навстречу таинственному врагу, чтобы вновь защитить Землю и не дать злу разрушить её будущее.
