События разворачиваются в отдалённом будущем, когда прогресс технологий стал неотъемлемой частью повседневной жизни и даже нашёл применение в карточных дуэлях. Юма Цукумо — молодой человек, мечтающий стать чемпионом мира в мире «Дуэльных монстров», но пока что он лишь новичок без чёткой тактики и плана действий. Однажды он выдвигает вызов местному чемпиону Рёге Камисиро, и во время их поединка рядом с ним появляется загадочный призрак, лишённый памяти — Астрал. Призрак объясняет, что его воспоминания распались на девятьдесят девять иксиз‑карт, которые носит имя «Номеры». Отныне цель героя — не только добиться признанных высот в мире «Дуэльных монстров», но и помогать таинственному духу-дуэлянту восстановить собственную память.
