Прошло тысяча лет с тех пор, как загадочная раса Гауна разнесла Солнечную систему — огромные тварья, почти неуязвимые и лишённые разума. Выжившее человечество укрылось за пределами родной звёздной сферы на колоссальных космических судах «Сидония», ставших единственным оплотом выживания. Путешествуя по бездне космоса и скрываясь от преследований чудовищ, люди научились строить пилотируемые боевые машины — мощные бронемашины, способные дать отпор агрессорам и продлить существование рода. Вся жизнь Нагатэ Таникадзэ, выросшего в полной изоляции на борту «Сидонии», изменилась после того, как он был замечен в таланте к управлению боевыми механизмами и отправлен на обучение пилотированию. Теперь он и его соратники-пилоты ведут тяжёлую и опасную войну против Гауна, сражаясь за выживание человечества и надежду на будущее в бесконечном вакууме космоса.
