Прошло всего несколько недель с момента победы над Кэрол, и Хибики [立花 響] вновь вынуждена вступать в бой. Её противник — самый грозный враг, который когда-либо встречал человечество — предстает в виде вечернего испытания под названием летнее задание, давящее на ее силы. Но прощение в этом сюжете не приходит: миру угрожает новая, ещё более опасная катастрофа, и Хибики не может уйти в тень до начала нового семестра. Цубаса [風鳴 翼] и Мария [マリア・カデンツァヴナ・イブ], работающие над делом Александрийского инцидента, сталкиваются с Баварскими Иллюминатами — организацией, за которой стоят как Кэрол, так и загадочная Фронтира. Погнавшись за ними в разрушенную войной южноамериканскую республику Валверде, носители «Мехасимфоний» становятся свидетелями силы, ранее неведомой миру — мощи, способной повергнуть даже Бога.
