Сюжет разворачивается за целых десять лет до тех событий, что показываются в Fate/Stay Night. Священная Граальская война — нечто вроде битвы между семью магами за могущественную силу, способную исполнить любое желание, а схватки ведутся через призыв легендарных духов-героев. Эти состязания трижды не приводили к явному победителю, и данная история знакомит нас именно с Четвёртой войной. Объединив волю к победе, маги выходят на поле боя в городе Фуюки, где разворачиваются мрачные события. Среди участников выделяется одиночка, который не может найти смысла в этой бесконечной схватке — Кирэй Котоминэ — человек, чье существование напоминает о пустоте, и он продолжает поиски смысла достойного будущего. В то же время Айнцберн — одна из старейших семей-основателей мира магов — после трёх неудачных попыток заполучить Грааль решает добиться цели любой ценой и набирает в свои ряды Кирицугу Эмия, известного как суровый и коварный наёмник с безжалостной репутацией. Эмия, когда-то мечтавший стать героем, который спасёт всех, осознал, что спасение одного часто требует жертвы другого. Поэтому он выбирает путь «огня и меча» ради человечества, готов уничтожать всё, что угрожает ему. Ему приходится бороться между любовью к жене и дочери и обещанием заполучить Грааль. Их столкновение становится неизбежным.
