Сюжет повествует о Казуки Муто, школьнике, которому ночью суждено погибнуть, защищая незнакомку от зловещего существа. Однако он внезапно просыпается в своей постели и убеждается, что это было не сновидение. Вскоре становится ясно: реальность гораздо строже — гигантское змееподобное чудовище набрасывается на него и его сестру. Девушку, которую он спас, зовут Токико Цумура, и она объясняет, что монстр на самом деле гомункул. Во время спасательной схватки Казуки погибает, но Токико, расплакавшись и раскаиваясь, возвращает его к жизни, поместив в грудь таинственный медальон — какуганэ, замещающий сердце. Какаганэ — алхимическое устройство, активируясь, принимает форму, зависящую от владельца, и порождает уникальную Бусо Рэнкин — боевую алхимию, способную сокрушать гомункулов. Используя какуганэ, Казуки создает свой собственный Бусо Рэнкин — мощное копьё под названием «Сердце солнечного света». Вместе с Токико, владеющей боевой алхимией «Юбка Валькирии» — смертоносной косой, он вступает в войну против гомункулов и их хозяина, стремясь остановить тёмную угрозу.
