Это история об нежной и несколько наивной девушке по имени Кобато, известной как 花戸 小鳩, которая прибывает на Землю ради исполнения своего заветного желания. Чтобы осуществить мечту, ей предстоит лечить раны сердец людей, собирая в волшебную бутылочку осколки их боли и страданий. Её наставником и хранителем в мире людей становится Иорёги — могущественное магическое существо, воплощённое в образе синего плюшевого пса. По прибытии на чужую землю Кобато сталкивается с немалым количеством сложностей: она почти ничего не знает о людях и их жизни, а все её знания базируются на информации из манги. Однако, несмотря на свои странности и забавные недоразумения, оказывается, что Кобато удивительно хорошо подготовлена к миссии: в её сердце живут доброта и искреннее желание помогать. Со временем она быстро завоёвывает любовь и восхищение людей, которым помогает, но самой ей не разрешено показывать чувства к тем, чьё сердце она исцеляет.
