Герой осознаёт, что его жизнь прерывалась бесчисленное количество раз и возрождалась снова благодаря загадочной силе, чьё имя остаётся за кадром. Он начинает разбирать механизм этого цикла и постепенно раскрывает истинные намерения Куруми: её цель — уничтожить первоначального духа и освободить мир от боли, которую принесли появления духов. Шидо считает, что фрагменты его памяти могут подсветить связь с тайной вокруг самого начала и происхождения могущественного духа. По мере расследования герой углубляется в прошлое и сталкивается с новыми испытаниями, его судьба переплетается с судьбами тех, кого он встречает на пути. В то же время, словно проблемам не придти концу, Deus Ex Machina Industries (DEM) разворачивает глобальную операцию против Рататоск с твёрдой целью — заполучить под свой контроль силы всех духов и использовать их во имя своих интересов.
