В центре истории аниме Темнее чёрного: Близнецы и падающая звезда, выпущенного в 2009 году, оказывается бегущий Хэй после предательства таинственной Синдикатской сети. Его путь неожиданно приводит в Владивосток, где переплетаются интересы трех крупных спецслужб — ФСБ, ЦРУ и MI6. На кону — профессор Павличенко и его сын, контрактор по имени Сион, чьё существование осложняется сестрой-близнецом Суо. Исследование природы контракторов становится предметом тщательного внимания множества разведведовств, и вот наступает момент, когда сразу несколько организаций решают захватить и учёного, и его сына. Однако замыслы рушатся: агентов разных стран тянут в конфликт друг против друга ради драгоценной информации, не ожидая, что кто-то ещё может заинтересоваться профессором. Павличенко гибнет, а Сион исчезает без следа. Суо оказывается в руках Хэя, принявшего её за Сиона, за которого охотится ЦРУ. По стечению обстоятельств Хэй, осознав ошибку, не оставляет девочку на произвол судьбы: он выручает её из-под удара ФСБ и вскоре становится свидетелем превращения Суо в контрактор. Но этот контрактор необычен: в ней ещё живут эмоции и крепкая привязанность к людям. Хэй начинает обучать Суо основам существования контракторов — выносливости, самоконтролю и сопереживанию в этом мрачном мире.
