По итогам Второй мировой войны в Японии появилась секретная структура, наделённая задачей противостоять терроризму и экстремистским тенденциям в регионе Тихого океана. Миссия оказалась настолько ответственной, что доверили её только опытным специалистам. Но кого именно можно привлечь к таким задачам? Естественно — ниндзя. В начале организация вёлла работу в пределах страны, однако впоследствии зона её влияния расширилась до глобального масштаба: ниндзя стали заниматься международными делами, а численный состав достиг двадцати тысяч сотрудников. В их числе оказался Куро Кумогакурэ — семнадцатилетний юноша, которого многие считали неудачником, но он упорно пытался стать неотъемлемым звеном в цепи защитников, охраняющих страну от нападений со стороны зарубежной преступности. Однако всё звучит впечатляюще лишь на словах: Куро ещё школьник старших классов, поэтому устроился на работу в агентство на неполную ставку, чтобы совмещать учёбу с привычными хлопотами и бытовыми проблемами.
