События аниме «Полифоника» разворачиваются на континенте Полифоника, где люди и духи живут рядом и мирно сосуществуют. Связующим звеном между мирами служит божественная музыка, которую способны творить лишь избранные — дэнтисты. В центре сюжета — студенческие годы Форона Татары и его обучение в Академии Божественной Музыки, а также первые шаги Форон и Кортикарте Апa Лагранджеса в попытках научиться понимать друг друга через звучание и паузы. Несмотря на всю идиллию, мир не застрахован от угроз: над континентом нависает зло в виде террористов, которые нападают на города и вселяют паническую тревогу в сердца простых людей. Герои сталкиваются с выбором между личными амбициями и ответственностью перед обществом, пытаясь сохранить гармонию, которую дарит музыка, и не дать злу разрушить их общую мечту о мире.
