За двадцать лет до событий истории на траекторию Земли выходит гигантский астероид Танатос. Он сталкивается с Плутоном и разрушает его, но само столкновение не становится окончательной смертью: Танатос замедляется, однако угроза остаётся. Чтобы уберечь планету, Международное агентство по изучению солнечной системы, МАИСС, запускает грандиозный проект «D» и, обнаружив в глубинах океана яйцо дракона, создаёт боевую единицу под названием «Драгонавт». Основная миссия — ликвидировать Танатос и предотвратить катастрофу. Однако пилоты и учёные вскоре понимают, что опасность подсокрыта не только астероидом: на Землю нападают неизвестные существа, сея страх и хаос. В такие тяжёлые времена юный Дзин Камисина становится свидетелем убийства со стороны одного из этих существ. Когда он сам оказывается на грани гибели, его спасает загадочная девушка по имени Тоа. Они оказываются на раскоряжении судьбы: от их знакомства зависит будущее Земли и баланс между разрушением и надеждой.
