В недалёком будущем британская империя подчинила значительную часть мирового пространства, а Япония исчезла как суверенное государство: она оказалась под контролем Британии и превращена в так называемый «11-й сектор», где местное население презрительно именуют «одиннадцатыми». Главный герой истории — Лелуш Ламперуж, отпрыск императорского дома, оказавшийся в изгнании вместе с сестрой и отправившийся жить в этот изолированный район, где учится в элитарной академии. По стечению обстоятельств он оказывается втянутым в наступление японских повстанцев на столицу империи. Империя, не терпящая неповиновения, посылает карательные отряды, разрушающие всё на пути громогласной кампании против мятежников. Спасаясь от преследователей, Лелуш знакомится с загадочной зелёноволосой девушкой, назвавшей себя С.С. Загнанная в угол и окружённая солдатами, она передаёт ему таинственный дар, известный как гиас. Так Империя начинает расплачиваться за прошлые обиды.
