Долгая и изматывающая война между человечеством и разумной расой машин — механоидов — наконец завершилась перемирием. По мере того как их влияние расползалось по Вселенной, Земля оказалась почти под их контролем, и обе стороны вынужденно согласились на прекращение огня. Зеро, адмирал флота человечества во времена Великой Галактической войны, ныне служит капитаном буксирного судна и, несмотря на то что военные конфликты лишили его семьи, продолжает стойко защищать Землю. Во время очередного задания его корабль подвергается натиску загадочного пиратского судна, прозванного «Тенью смерти», и схватка заканчивается поражением. Позже командование доверяет Зеро миссию: поймать легендарного пирата, капитана Харлока, который, как выяснилось, и есть тот самый нападавший. Теперь под знаменем Независимого Флота, вместе с бывшим боевым линкором «Кария» и отборной командой, состоящей как из механоидов, так и людей, Зеро должен обрывать следы в галактике, прочесывая Вселенную в поисках следа опасного противника.
