Два года прошли с момента окончания противостояния между EAF и Координаторами. Мир зашёл в зыбкое состояние покоя и баланса, который ни одна из сторон не воспринимает как истинно справедливый или устойчивый. Чтобы возродить конфликт и вернуть себе обоснованный контроль, заговорщики среди Координаторов вынашивают рискованный план: направить колонию Юниус 7 на Землю, уверяя, что её падение практически истребит крупную часть человечества. Под руководством ZAFT колония приводится в действие, и её взрыв становится катализатором: обломки разлетаются по поверхности планеты, нанося ей колоссальный ущерб и возвращая мир к бурной войне с новой силой. Главные герои снова вынуждены надевать броню и хвататься за оружие, чтобы спасти мир, к которому они привязаны душой. Их путь пройдёт через разрушенные города и жестокие схватки, ведь только общая решимость и взаимная привязанность могут остановить надвигающуюся катастрофу и вернуть надежду на будущее.
