Во втором веке после нашего времени люди сталкиваются с внезапной космической агрессией юпитерианских ящеров. Год спустя выживший Акито, некогда переживший нападение на марсианскую колонию Земли, очутился на планете без понятия, как сюда попал, и подрабатывает поваром, пытался разобраться в происходящем, но неуспех сопровождает его. Всё меняется после случайной встречи с его детской подругой Юрикой, которая оказывается капитаном новейшего корабля — крейсера Надэсико, созданного частной компанией Нергал ради выхода из возникающего конфликта. Следуя за ней, Акито, надеясь найти ответы на свои вопросы, втягивается в экипаж, состоящий почти из таких же необычных личностей, как и Юрика. Прорываясь сквозь опасности, Надэсико начинает долгий полёт к Марсу, и там, возможно, раскроется тайна гибели родителей Акито, а вместе с ней — ключ к разгадке его собственного прошлого.
