После окончания школьной программы по Vanguard Кодзи Ибуки начинает видеть тревожные сны. Номэ Татсунаги просит Суйко пригласить его в особняк, где выясняется, что юноша способен видеть Темную башню под названием «Санктуарий». Эта башня искажает временную линию на протяжении всей истории, и единственный путь вернуть порядок — сперва Кодзи должен исправить ошибку, которую допустит в будущем. Теперь Кодзи и Суйко вынуждены отправиться в параллельный мир, известный как «-if-», чтобы увидеть различные варианты развития событий. Там волшебницы Эми Сэндо и Сюка призывают юнитов Vanguard, чтобы помочь скорректировать ход истории. Однако от самих героев пользы мало — карточные поединки против реальных монстров оказываются не особенно эффективными. Путешествие превращается в испытание для героев, где каждое решение может изменить прошлое и будущее, а сам Санктуарий продолжает тянуть временные нити в неизведанном направлении.
