Во втором сезоне аниме Парень из эпохи Бакумацу 2 (2019) события разворачиваются после того, как Синсаку Такасуги и его верный спутник Когоро Кацура вновь оказываются в вихре временных перемещений. Они попадают в альтернативную Японию, созданную вмешательством Мугэнсая, и пытаются распутать запутанный клубок причин и следствий параллельных эпох, чтобы понять, можно ли вернуться в своё настоящее. Но реальность оказывается сложнее: казалось бы уничтоженный хронометр внезапно оживает и начинает обретать собственную волю, постепенно восстанавливаясь. Проблема состоит не только в том, чтобы вернуть домой: возрождение хронометра требует открытия опасных разломов, через которые в наш мир проникают детали из иных миров. Эти фрагменты несут с собой мощь, но вместе с тем наносят значительный вред текущей реальности. Кроме того, на горизонте появляется новая угроза — таинственный «законный преемник» Мугэнсая, чья истинная роль и намерения остаются неизвестными, что заставляет героев держаться вместе и идти навстречу неизбежному.
