Спустя семь месяцев после окончания Одногодичной войны остатки Герцогства Зион преобразовались в Республику Зион и продолжили сопротивление на новых рубежах. Дэрил Лоренц, известный как пилот «Психо-Заку», возглавлял боевую машину в завершающей фазе конфликта в секторе «Удар молнии», где эскадра Братства Мур была разгромлена и уничтожена. Потеряв «Психо-Заку», Дэрил принимает решение отправиться на Землю в поисках сведений об Альянсе Южных морей, военной группе в составе Земной Федерации, чьи планы начинают играть ключевую роль в нынешнем балансе сил. С другой стороны Ио Флеминг, ранее противостоявший Дэрилу, был отобран для пилотирования нового прототипа мобильного боя Atlas Gundam и тоже отправлен к Земле, чтобы оценить ситуацию на месте и подготовиться к будущему столкновению. Эти события открывают новой главе войны, где старые союзы и передовые технологии сталкиваются в сложной игре баланса интересов между независимыми колониями и доминирующей земной властью.
