В 2003 году трагедия разрушает жизнь Тобио — сына выдающегося учёного Уматаро Тэнмы, который погибает в автомобильной катастрофе. Чтобы сохранить память о погибшем сыне и подарить миру нечто великое, Тэнма создаёт андроид по имени Атом, задуманный якобы стать идеальной заменой ребёнка. Однако со временем он начинает осознавать, что ничто не заменит живую душу человека, и поэтому отказывается от идеи полного копирования жизни, в итоге продавая созданного робота Хэму Эггу. Неожиданно Атом встречает мудрого доктора Очаномизу, который становится его наставником и расширяет горизонты его возможностей, помогая ему развивать своё истинное предназначение. Под руководством учёного Атом получает друга — робота-сестру Уран, с которой их путь переплетается в многочисленных приключениях. Так начинаются истории в удивительном мире будущего, где наука соприкасается с человеческими чувствами, моралью и поиском своего места в обществе.
