В центре сюжета — идеальный город под названием зона №6, где мечты об идеале держатся на жестком регулировании и порядке. Еще ребёнком Сиону [紫苑] получил статус обладателя «высокого уровня интеллекта» и получил разрешение жить в роскошном квартале Кронос. На пороге двенадцатилетия он знакомится с Нэзуми [ネズミ], красивым парнем, который сбежал из исправительной колонии. Укрывая беглеца, Сион [紫苑], по решению Бюро общественной безопасности, теряет все привилегии и отправляется из Кроноса в так называемый «Потерянный город». Четыре года спустя череда загадочных происшествий приводит Сиона к скрытой правде о шестой зоне и её тайне. Этот загадочный регион остаётся вне закона и внимания, но именно там хранятся ответы на вопросы о власти, свободе и цене, которую нужно заплатить за идеал. Нити прошлого тянут героя к опасной развязке, где раскрывается давно спрятанная истина за названием шестой зоны.
