В центре истории оказывается молодой Такаси Нацумэ, унаследовавший от своей бабушки Рэйко способность видеть духов. Этот дар вызывает больше неприятностей, чем радости: духи нередко тревожат его и мешают нормальной жизни. Всё меняется, когда он находит так называемую Тетрадь дружбы, принадлежавшую Рэйко. Открывая её страницы, Нацумэ понимает, почему в детстве над ним нависали призраки — и добрые, и злые — и какую роль играет каждое появление духов в его судьбе. Постепенно он осознаёт истинную природу этой книги: она держит в руках власть над духами и их контрактами. Решив разобраться, молодой человек вместе с могущественным духом-охранником, известным как Мадара (斑), начинает помогать освобождать духов из-под правления Рэйко. Так начинается путь, на котором Нацумэ учится доверять миру невидимых соседей и превращает свой дар в источник силы для тех существ, которые долгое время жили в тени, прося о свободе.
