В одном из крупнейших японских мегаполисов, где повседневная суета и комфорт кажутся нормой, случилось нечто необъяснимое: исчезло всё население города. Это событие повергло правительство в состояние шока и вынудило власти и службы безопасности ломать головы над разгадкой. Такуя — молодой курьер, работающий по контракту на исследовательскую корпорацию — ведёт обычную, скромную жизнь между адресами и посылками. Однажды ему встречается Юки — единственная выжившая после катастрофы девушка, чья вера в связь между исчезновением и загадочным письмом её отца крепнет с каждым днём. Вместе они решают рискнуть и отправляются в город-призрак, чтобы распутать клубок причин исчезновения и понять, какое значение имеет послание отца в этой истории. Но на их пути ждут гораздо больше испытаний: заговоры скрытых организаций, противостояния властных структур и призраки давно умерших жителей, которые всё ещё обитают в этом месте и не желают уходить. Такуя и Юки понимают, что истина может стоить им серьёзной цены, и каждое новое открытие приближает их к разгадке, но и ставит под угрозу их жизни и судьбы.
