Это третий выпуск четвертой киносерии, который, в отличие от первых двух, не является прямым пересказом сериала, а предлагает самостоятельное развитие сюжета. После того как Мадока смогла преобразить структуру Вселенной, Хомура оказалась в мире, где рождаться новых ведьм больше не приходится. Однако печаль и разочарование людей всё ещё находят себе выход в виде существ — призраков, против которых продолжают сражаться юные волшебницы. Хомура по-прежнему сталкивается с изоляцией и тяжёлой ношей воспоминаний после разрыва с Мадокой. В фильме появляется новая колдунья по имени Нагиса Момоэ, которая вносит в историю новые линии и загадки. Её появление приносит драматизм и заставляет главных персонажей переосмыслить свои цели и методы борьбы. Картина держит зрителя на грани между светом и темнотой, подчеркивая цену дружбы, верности и личного выбора.
