Мюнхен, Германия, 1923 год. Прошло уже два года с тех пор, как Эдвард Элрик оказался в чужом мире, оставив за спиной родную землю, друзей и младшего брата Альфонса [アルフォンス・エルリック]. Лишённый алхимических способностей, он продолжает жить в надежде найти путь домой и занимается инженерной работой вместе с Альфонсом Хайдерихом [アルフォンス・ハイデリヒ], молодым учёным, очень похожим на брата. Однако его усилия не приводят к нужному результату. Но всё меняется, когда Эдвард протягивает руку помощи цыганской девушке, попавшей в беду. По воле судьбы он оказывается в гуще событий, способных разрушить оба мира. В это время и в его родной вселенной Альфонс Элрик всё глубже погружается в изучение тайн алхимии в поисках способа вновь встретиться с братом.
