После событий второго фильма Синдзи Икари просыпается спустя четырнадцать лет в мире, который кажется ему чужим и тревожно нестабильным. Ему трудно понять, что происходит, но постепенно из темноты всплывает пугающая истина, способная перевернуть все его представления. Ему снова придётся вступать в борьбу с Ангелами, но на этот раз ему помогают неожиданные союзники, а впереди — испытания, вызванные недоверием и сопротивлением бывших друзей. Тяжесть прошлого и новые препятствия ставят под сомнение его роль и мотивацию. Судьба снова выталкивает его на передовую войны и заставляет принимать решения, от которых зависит будущее человечества. Какой выбор он сделает в этот раз, и какие последствия он понесёт?
