После прибытия на Землю спустя двадцать тысяч лет Харуо Сакаки и остатки человечества обнаруживают, что планета изменилась до неузнаваемости. Флора и фауна здесь словно воплощают Годзиллу, а сама Земля превратилась в арену бесконечной битвы: гигантский Годзилла высотой около трёхсот метров держит территорию и диктует условия выживания. Людство оказывается на грани исчезновения и вынуждено бороться в новых условиях за каждую возможность остаться жить на планете. Чтобы победить чудовище и вернуть шанс цивилизации на существование, Харуо встречает потомков древнего народа хута. Близнецовые сестры Маина и Миана ведут его к останкам древнего оружия против Годзиллы — Меха-Годзиллы, оружию, принявшему форму самогенерирующегося нанометалла. Теперь Харуо отправляется к целому городу Меха-Годзиллы, возникшему за века из того же наноматериала и способному уничтожить монстра. Этот город становится ключом к победе и шансом сохранить жизнь человечества на планете.
