Человечество оказалось на грани исчезновения после столкновения с неординарной расой Гауна — существами с чуждой формой, угрожающей всему живому. Оставшиеся в живых люди укрылись на гигантских космических флотилиях под названием «Сидония» и, время от времени останавливаясь ради пополнения запасов, продолжают сладко-медленно блуждать по вселенной в поисках нового дома. Угроза Гауна по-прежнему нависает над выжившими, а учёные разработали специальные средства против врага, которые военные освоили и применяют на практике. Нагатэ Таникадзе вырос на нижних уровнях одного из кораблей, почти не контактируя с людьми и находясь под опекой Хироки Сайто, который называет себя его дедом. Смерть близкого человека и голод вынуждают юношу покинуть подземный уровень, и навыки пилотирования, которые он освоил на старом учебном симуляторе, становятся ключом к обороне «Сидонии» против беспощадных Гауна. Этот фильм выступает укороченной переработкой сюжета одноимённого сериала.
