Освободившись от прежних обязанностей в 501-м секретном отделе, Мотоко Кусанаги оказывается под началом Дайсука Арамаки. Некий взлом поразил искусственный интеллект Логикомы, и Бато решает собрать новую команду для расследования. Он привлекает к делу бывшего офицера разведки из армии Исикаву и специалиста по взрывчатке Бомы, чтобы обеспечить необходимые знания и оперативные возможности. Кусанаги стремится вовлечь в расследование снайпера Сайто и тайного агента Падзу, чьи навыки и доступ к теням могут оказаться решающими. Параллельно Девятый отдел разворачивает очередную операцию, демонстрируя, что работа по обнаружению угроз и защите общества продолжается. В этом окружении каждая фигура приносит часть прошлого и нового опыта, а кибернетика, интриги и прагматизм сходятся на грани между светом и тенью, обещая неожиданные повороты в ходе дела.
