Действие фильма «Кланнад» разворачивается в старшей школе, расположенной на холме в маленьком японском городке. Окадзаки Томоя — ученик третьего курса, который не воспринимает учёбу всерьёз: он часто опаздывает на занятия и в глазах одноклассников выглядит хулиганом, занятым подготовкой к экзаменам. Друзей у него немного: ближайший товарищ Ёхэй Сунохара — такой же безалаберный парень. Томоя, похоже, не возражал против такого положения вещей, пока однажды не повстречал Нагису Фурукаву. Она осталась совсем одна в школе, её бывшие одноклассники уже закончили учебу. Этой неловкой девушке он не слишком сопереживал, но не смог оставить её в беде и решил ей помочь. По мере событий он знакомится и с другими одноклассницами. Сначала он не проявляет большого интереса к ним, но постепенно сердце его начинает открываться, и он начинает заботиться о них и их судьбах.
