Конец тысячелетия приносит надвигающуюся угрозу глобального масштаба: каждые тысячу лет огромная планета Ла-Метал, населённая высокоразвитой цивилизацией, приближается к Земле по своей орбите, и это сопровождается цепной реакцией катастроф и стихийных бедствий. В 1999 году пролет Ла-Метала будет настолько близким, что риск столкновения станет реальным. Вдобавок к этому жители этого мира давно вынашивают планы по захвату Земли. Профессор Амамори, сотрудник местной обсерватории, узнаёт об угрозе и делится тревогой с помощницей Яёй Юкино. Официально она обычная девушка, но на самом деле является таинственной Королевой Тысячелетия по имени Ла Андромеда Прометия II — посланницей с Ла-Метал, призванной наблюдать и управлять человечеством целый тысячелетий до прихода своей преемницы. Однако Яёй выбирает сторону людей и всеми силами пытается предотвратить надвигающуюся катастрофу, жертвуя своей ролью и скрытым предназначением.
