Пятнадцать лет назад в безлюдных водах Тихого океана крушение гигантского круизного судна закончилось гибелью. Спустя больше десяти лет инженер Хидэто Яширо погиб в автомобильной аварии, и между этими двумя событиями неожиданно всплывает таинственная связь, которая становится заметной во время первого рейса роскошного лайнера «Сент-Афродита». Отправившись на заслуженный отдых, Когоро Мори, его дочь Ран Мори, Конан Эдогава и загадочное Детективное трио наслаждаются путешествием, организованным семьёй Соноко Сузуки. Однако радость длится недолго: во время игры в прятки Соноко бесследно исчезает. Позже находят застреленной президента компании, возводившей «Сент-Афродиту», а её отец исчезает без вести. Полицейское расследование заходит в тупик, но Конан всё ближе приближается к виновнику. Не желая попасться, преступник угрожает взорвать корабль и отправить всех пассажиров на дно. Пока трюмы стремительно наполняются водой, раскрывается истина о мстительных убийствах. Не имея возможности убежать, Конан и Когоро вынуждены выйти на схватку с неуловимым преступником, прежде чем всех на борту потянет морское дно.
