Это третий фильм из четырехчастной серии. В отличие от первых двух картин он не повторяет сюжет сериала. После того как Мадока перестроила Вселенную, Хомура обосновалась в мире, где рождение новых ведьм больше не происходит. Однако человеческое отчаяние всё ещё принимает форму загадочных существ — призраков, с которыми продолжают сражаться девочки-волшебницы. Хомура продолжает бороться с одиночеством после разрыва с Мадокой. В фильме появляется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ, чьё появление вносит свежую струю интриги и новые испытания для героинь. Сюжет исследует последствия радикальных перемен, ставящих под угрозу прежние устои, и заставляет зрителя размышлять о цене дружбы, надежды и жертвы в мире, где магия соседствует с мрачной реальностью.
