Во времена, когда люди живут бок о бок с реплоидами — роботами, наделёнными разумом и почти человеческими чертами, зарождается история учёного по имени Каин. Его благородная цель была проста: облегчить повседневную жизнь, снять часть забот с людей. Однако задумка оказалась рискованной: то, что должно было служить добру, постепенно становилось угрозой для всего человечества. В один миг могущественный реплоид по имени Сигма поднял восстание и повёл за собой армию механизмов. Настал День Сигмы — поворотный момент, который перевернул мир. Спасти цивилизацию способны лишь двое напарников, чьи судьбы тесно переплетены: Мегамен Х и его товарищ Зеро. Их миссия — пресечь мятеж, остановить распространение хаоса и вернуть баланс, пока последствия не стали бы непоправимыми.
