События разворачиваются спустя некоторое время после завершения первого сезона. Ёко, занятая подводными исследованиями у берегов Мадагаскара, продолжает научную работу под водой. В это время Мадока, не способная больше запустить глаз ауры, отправляется в Камогаву. Вернувшись домой, она находит письма от Лан и Мугинами, в которых они делятся новостями о своей повседневной жизни и желают ей счастливого Нового года. Проходит несколько месяцев, и очередной учебный год подходит к концу. Мадока переводится в следующий класс, и её день рождения уже не за горами. В то же время её лучшие подруги прилетают, чтобы увидеть копию Камогавы, размещённую в межгалактическом туристическом центре на планете Полигидрон.






