Прошло тридцать два года с момента поражения захватчиков. A.E.G.I.S. едва держится на плаву и превратилась в подпольную сеть, в которой осталось лишь несколько Хранителей Врат, продолжающих нести надежду человечеству. Среди них — Айане Исудзу, которая устала от общества и его пороков, но её воля не сломлена: она продолжает сражаться с Захватчиками назло своему отцу. Внезапно появляется тревожное известие о возрождении Машинного генерала — Сегуна Кикай — и графа Дьявола — Акумы Хакушаку, и к ним присоединяется загадочная девушка-призрак, чья роль пока туманна, но она неизменно сопровождает их на каждом шаге. Айане и оставшиеся члены A.E.G.I.S. сталкиваются с испытаниями, пытаются распутать запутанные загадки прошлого и не доверяют никому на словах. Их задача проста и смертельно опасна: остановить возрождённые силы, сорвать коварные планы и снова спасти человечество от надвигающейся тьмы.
